现代青年陈墨穿越到大秦，沦为九原矿场劳役五年。恰逢始皇帝病重，他拿出药物冒险揭下求医诏令，历经死囚试药才博得信任。之后陈墨依托司造监，造出肥皂、曲辕犁、纸张火药，改良农具军械，又推动工程招标，还为大秦寻访来萧何、韩信、刘季等人才。他被嬴政赏识封侯，拜为扶苏的老师，却也因革新触动旧势力，遭遇致命刺杀。本季止于雍城祭天，陈墨封文定侯，献上地球仪，韩信赴九原练兵，而他穿越的秘密依旧只有观众知晓。
