1980年代，世界相繼發生怪異的事件。宇宙物理學的國際權威御手洗博士，除了警告有危機迫近外，還在自家的地底建立了研究所，並成立以現代科學精英組成的調查組織，SGM(Science Guard Members)。 新聞攝影師鏡京太郎在母親死後，寄居在御手洗博士家中。有一天他被神秘人襲擊，但被一片鏡中的光救了他。京太郎其後從博士處知道了自己的身世，並為了保護地球和平，而成為了異次元世界超人·鏡子超人。 片中的敵人稱為Invader(インベーダー)，屬於侵略地球的神秘生物。
